โรคลำไส้อักเสบสามารถเกิดขึ้นได้ทั้งในส่วนลำไส้เล็ก และลำไส้ใหญ่ เพราะเป็นส่วนหนึ่งของระบบทางเดินอาหาร ซึ่งเป็นผลจากการติดเชื้อหรือได้รับสารพิษทั้งสิ้น โดยสามารถแบ่งออกเป็น 2 ประเภทใหญ่ ๆ คือ

 โรคลำไส้อักเสบฉับพลัน
ลำไส้อักเสบแบบเฉียบพลัน เกิดจากการติดเชื้อในลำไส้ หรือได้รับสารพิษ ซึ่งทั้งสองอย่างมาจากอาหารที่รับประทานเข้าไปซึ่งมีสิ่งเหล่านั้นปะปน เชื้อที่พบมากในอาหารได้แก่ เชื้ออีโคไล โนโวไวรัส ซาลโมเนลลา ชิเกลลา ฯลฯ รวมถึงสาเหตุอื่น ๆ ที่อาจพบได้ เช่น ได้รับสารพิษเข้าไปในร่างกายผ่านระบบทางเดินอาหาร เช่น กินเห็ดพิษเข้าไป ผลข้างเคียงจากยาบางชนิด แพ้สารอาหารบางอย่าง เช่น น้ำตาลแลคโตส กลูเต็น เป็นต้น

 โรคลำไส้อักเสบเรื้อรัง
โรคลำไส้อักเสบเรื้อรัง ไม่พบสาเหตุที่แน่ชัด แพทย์ผู้เชี่ยวชาญ ด้านโรคลำไส้อักเสบเรื้อรัง ได้อธิบายไว้ว่า ผู้ป่วยมีภูมิคุ้มกันที่ทำงานมากผิดปกติ ซึ่งพยายามกำจัดสิ่งแปลกปลอมและมีความเข้าผิดว่าลำไส้ของตัวเองเป็นสิ่งแปลกปลอม ต้องพยายามกำจัดทิ้ง จึงทำให้เกิดการอักเสบขึ้น คล้ายกับ “โรคพุ่มพวง” ต่างกันที่โรคพุ่มพวงทำให้เกิดการอักเสบได้ทุกส่วนในร่างกาย แต่โรคลำไส้อักเสบเรื้อรังจะเกิดการอักเสบที่ระบบทางเดินอาหารเป็นหลัก แบ่งออกเป็น 2 โรคใหญ่ ๆ คือ

Crohn’s disease
เกิดขึ้นที่ระบบอาหารตั้งแต่ปากถึงทวารหนักส่วนใดก็ได้ แต่โดยมากมักเกิดที่ลำไส้เล็กส่วนปลายและลำไส้ใหญ่ส่วนต้น
• ผนังลำไส้อักเสบบวมคล้ายฝี มีลักษณะตะปุ่มตะป่ำจนช่องภายในลำไส้แคบลง และอาจกลายเป็นลำไส้อุดตันได้

• ผนังลำไส้อักเสบเป็นแผลลึกจนทะลุไปอวัยวะอื่นที่อยู่ติดกัน

• การอักเสบกระจายทั่วไปในลำไส้

Ulcerative colitis
แตกต่างจาก Crohn เพราะจะเกิดที่เฉพาะลำไส้ใหญ่เท่านั้น
ลักษณะของโรค จะเกิดขึ้นเฉพาะที่ผนังลำไส้เท่านั้น และผู้ป่วยมักมีอาการร่วมอื่นๆ เช่น ข้ออักเสบ ตาอักเสบ ตับอักเสบ เป็นต้น